Primer5入门级引物设计攻略

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Primer5是分子生物学常用的引物设计软件，准确率高，操作性强，下面小编就如何利用Primer5进行引物设计分享自己的心得，本篇较简单，适合初学者。

操作方法

（01）获取引物模板引物与模板一一对应，设计引物之前先要找到一段匹配的模板。以H9禽流感病毒HA基因为例，在NCBI上下载一个最新的病毒HA基因作为本经验所介绍的引物设计的模板。

（02）新建打开Primer5（小编的版本为英文版），依次点击“file”——“new”——“DNA Sequence”，新建操作界面。

（03）输入模板基因复制基因模板后，使用键盘快捷键“Ctrl+V”将下载的引物模板粘贴到空白框内，然后选择“As is”，点击“OK”。

（04）Search Primer找到界面左上角“Function”——“ Primer”，在新跳出的界面上点击“Search”，需要设置相应的条件，才能开始搜索。

（05）条件设置点击“Search”后，又跳出一个界面，我们从上到下依次设置：“Search For”选择“PCR Primers”；“Search Type”选择“Pairs”；“Search Ranges”要根据不同的情况而定，一般来说选择基因全长，如“1”——“1683”；“PCR Product Size”一般鉴定选择300-500，测序选择1200-1600，不能超过基因全长；“Primer Length”一般为20+(-)2。

（06）点击两次“OK”条件设置完毕后，点击“OK”，跳出新的界面后再点击“OK”，最后跳出软件为你选择的按照合成率从高到底的全部引物序列。

（07）引物选择将引物表与左侧表格结合起来进行引物的选择。从小编设计的引物表中看到，最高合成率为88，其对应的左侧表中均出现“Dimer”和“Cross Dimer”，说明此引物不甚理想。最佳的情况为“Hairpin”、“Dimer”、“False Priming”和“Cross Dimer”都不出现，也就是100合成率。